El traslado total no se produjo hasta el año 1917, pero ya en el 1910 se había iniciado la construcción e la bodega, que finalizó en 1924 y tuvo un presupuesto de 77.523 pesetas. En la parte baja de la bodega se situaron los calados en los que se elaboró el vino institucional y se realizaban las prácticas de los cursos para capataces que se impartían y por los que se otorgaba el título de aprendiz primero y el de bodeguero después. Desde 1892 a 1911 la Enológica recibió a 427 alumnos.

Los vinos allí elaborados salían a subasta y generalmente eran adquiridos por las propias bodegas de Haro. La Estación también contó con un campo de experimentación con vides plantadas de distintas variedades. El mosto obtenido de la vendimia de ese viñedo era criado en los calados del centro. Allí se guardaban hasta no hace mucho las históricas herramientas de la bodega institucional, como encorchadoras, despalilladoras, prensas y barricas, pero un problema de humedades obligó al traslado de este material y a la reforma total de las instalaciones, que ahora permanecen casi vacías.

Sólo se conserva en uso el botellero, un vistoso muestrario de las botellas de vino que se exportan. La Estación Enológica de Haro analiza los vinos de Rioja o de otras denominaciones de origen y licores que se van a exportar y guardan intactas las botellas de ese mismo vino por si fuera necesario realizar un segundo análisis.

La actividad del centro se redujo durante la Guerra Civil, y aunque reinició su labor formativa en 1947, también la crisis de la filoxera y la migración a América mermó su capacidad de trabajo. Tal es así que en los años 60 buena parte de los terrenos con los que contaba la Enológica como viñedos en su campo de experimentación fueron vendidos en favor del crecimiento urbanístico de Haro. Ya en 1964 cesó la actividad formativa del centro y el siguiente paso fue el traslado de la actividad bodeguera, que se produjo en los años 70, en favor de la nueva bodega institucional de La Grajera, en Logroño. Ya en los 80 el arquitecto Jesús Marino Pascual realizó el proyecto de reforma de las instalaciones, cuyo cometido se limitó desde entonces al análisis.

La Estación Enológica de Haro cuenta, además, con un espacio dedicado a vivienda, una biblioteca, sala de catas, laboratorios, un archivo y una colección de cuadros, además de haber albergado un museo del vino y un centro de interpretación ya clausurados.